24 czerwca 2019 roku podczas odpustu parafialnego w kościele p.w. św. Jana Chrzciciela w Lipsku odbyła się uroczystość jubileuszowa 100 lecia Parafii Lipsko. Z tej okazji w kościele parafialnym została odprawiona uroczysta msza św. której przewodniczył oraz wygłosił słowo Boże Pasterz diecezji ks. Bp Marian Rojek. W uroczystościach jubileuszowych udział wzięli parafianie, licznie przybyli księża oraz władze samorządowe. Wójt Gminy Zamość Pan Ryszard Gliwiński wręczył proboszczowi ks. Tomaszowi Winogrodzkiemu okolicznościowy dyplom jako dowód uznania i szacunku za posługę duszpasterską na rzecz wspólnoty wiernych.
Proboszcz parafii, ks Tomasz Winogrodzki podkreślił, że parafia do obchodów tego pięknego jubileuszu intensywnie przygotowywała się przez cały rok, ich owocem był plan obchodów jubileuszu. Maja one wymiar wielopłaszczyznowy, od troski o rozwój ducha i umocnienie w wierze po formy bardziej rekreacyjne Zwracając się do parafian powiedział:…” Przede wszystkim chcę zachęcić Parafian, by się zaangażowali do wspólnego świętowania. Wyrażając w ten sposób swą więź z Kościołem – wspólnotą Parafii św. Jana Chrzciciela, czując się jej żywymi członkami. W Roku Jubileuszu zmienia się także wystrój naszej świątyni, staje się nie tylko piękniejsza, ale też, a może nade wszytko jest miejscem modlitwy i kultu. Dlatego najwięcej form świętowania Jubileuszu będzie skierowanych do Was, kochani Parafianie. Mamy nadzieję, że dzieci, młodzież i dorośli, jak i osoby wrażliwe artystycznie czy bardziej aktywne, ale i szukające chwili czasu na modlitwę czy skupienie, znajdą coś dla siebie” …
Przedstawiciele Rady Parafialnej witając ks Biskupa Mariana Rojka przedstawiła w skrócie historię parafii i kościoła w Lipsku.
Do roku 1846 istniała w Lipsku parafia unicka, następnie powstała parafia prawosławna do której należały miejscowości: Lipsko, Białowola, Pniówek, Żdanów i Mokre. Rodzin wyznania rzymskokatolickiego było bardzo mało. Po ukazie carskim w roku 1905 prawie wszyscy prawosławni przeszli na katolicyzm, jednak parafia prawosławna istniała tu aż do I wojny światowej. „Była to zatem prawosławna parafia z pasterzem, ale bez owiec” – cytat z Kroniki Parafialnej. Natomiast katolicy obrządku łacińskiego, zamieszkujący Lipsko należeli, aż do zakończenia I wojny światowej, do parafii kolegiackiej w Zamościu. 7 lipca 1917 roku kościół w Lipsku był rekoncyliowany. Pierwszym proboszczem był ks. Kazimierz Wojtala.
Parafia Lipsko powstała na skutek podziału parafii kolegiackiej i została włączona do dekanatu zamojskiego, od roku 1978 funkcjonowała w ramach zamojskiego nowomiejskiego, a obecnie znajduje się w granicach dekanatu krasnobrodzkiego. Parafia rzymskokatolicka została erygowana przez mianowanego przez Ojca Świętego Benedykta XV Biskupa Lubelskiego Mariana Leona Fulmana już w pierwszym roku zarządzania diecezją 21 kwietnia 1919 roku. Do parafii Lipsko należą miejscowości: Lipsko, Lipsko Polesie, Lipsko-Kosobudy, Białowola, Zalesie, Zarzecze, Czarnowoda, Szewnia Górna
Do drugiej połowy XIX w. istniał w Lipsku drewniany kościół unicki. W latach 1857-1961 z fundacji Konstantego Zamoyskiego został wybudowany kościół murowany w kształcie krzyża, został on spalony w 1943roku. Obecnie istniejący kościół został wybudowany na miejscu poprzedniego wg planów inż. Adama Klimko – architekta powiatowego w Zamościu.
W kronice parafialnej ks. Andrzej Suchara – budowniczy kościoła tak opisuje wybrany projekt kościoła: „Wobec tego kościół będzie przedstawiał się następująco: Kościół trzynawowy. Nawa główna szerokości 6 m i dwie nawy boczne po 3 m szerokości, czyli szerokość wnętrza razem z filarami wyniesie 13,5 m. Długość naw wyniesie 16 m. Do tego dochodzi 6 metrowej głębokości prezbiterium i 3 metrowy przedsionek i nawa, nawa z frontem zakończona ma być rotundą nakrytą, z lewa wieża z wejściem na chór i pomieszczeniem na dzwony. W wybranym projekcie zebrani postanowili dodać boczną przybudówkę od strony północnej z zapasowym wejściem. Wejście to może służyć jako wejście codzienne i jako wejście zapasowe przy większym natłoku”.
Kościół został wybudowany w latach 1949-1950, poświęcony 4 grudnia 1950 roku przez ks. Franciszka Zawiszę, konsekrowany 6 lipca 1952 roku przez ks. Biskupa Tomasza Wilczyńskiego.