Herbem gminy Zamość jest srebrny gryf na czerwonym tle, wyłaniający się zza złotego mostu. Niegdyś był znakiem rodu Niemierzów – Ostrowskich, XV-wiecznych właścicieli dóbr pod dzisiejszym Zamościem. Most podkreśla związki gminy z miastem, którego pierwotna nazwa brzmiała „Zamoście”.
Flaga gminy Zamość obrazuje herb gminy na wydzielonym czerwonym kwadracie. Po jego prawej stronie znajduje się prostokąt podzielony na sześć równych pasów poziomych w barwach od góry: białej, czerwonej, żółtej, białej, czerwonej i żółtej.
Historia herbu Gmina Zamość jest ściśle związana z miastem, mającym silnie ugruntowane i chlubne miejsca w dziejach nie tylko regionu, lecz i całego kraju.
Ze względów prestiżowych, jak i ze względu na bogate dzieje okolicznych miejscowości, częstokroć dawniejsze od Zamościa, zasadnym było nawiązanie do najdawniejszych rycersko-szlacheckich właścicieli tych obszarów w średniowieczu, w czasach panowania polskiego, czyli od XIV i XV w. Nie pominięto też związków z hetmańskim grodem. Ziemie dzisiejszej Gminy Zamość we wczesnym średniowieczu zaliczały się do legendarnych Grodów Czerwieńskich, co najmniej od X w. Przez kilka stuleci stanowiły przedmiot sporów pomiędzy Polską a Rusią Kijowską dopiero w latach 1341-1366 zostały one przez króla Kazimierza Wielkiego ostatecznie przyłączone do Polski w ramach księstwa halicko-włodzimierskiego, zwanego odtąd aż do XVIII w. Rusią Czerwoną. Zrazu lenno Korony, od 1387 do 1462 r. stopniowo włączane do niej. Stały się one terenem ożywionej ekspansji gospodarczej i kolonizacji polskiej, głównie mazowieckiej i małopolskiej. Najdawniejsze wzmianki o miejscowościach dzisiejszej Gminy pochodzą z przełomu XIV i XV wieku. Dnia 18 stycznia 1398 r. w dokumencie arcybiskupa halickiego Jakuba Strepy dla możnowładcy Dymitra z Goraja, marszałka koronnego, pojawia się wzmianka o rycerzu Januszu vel Jakubie ze Żdanowie („de Zdanow”), którego potomkowie w 1450 r. byli także dziedzicami Skokówki (Skokowic) z dworem – zameczkiem, a w 1495 r. Kalinowic i części Pniowa. Przedstawiciele tego rodu – niewątpliwie mazowieckiego – przybrawszy nazwisko Niemierzów – Ostrowskich, czasami Żdanowskich, pieczętowali się właśnie herbem Gryf. W następnych latach, popadli w duże kłopoty finansowe, i w latach 1512-1517 wszystkie te swe włości odsprzedali świeżo przybyłym na owe obszary Zamoyskim. W wyniku usilnych zabiegów Zamoyskich, w XVI i w początkach XVII w. prawie wszystkie miejscowości obecnej Gminy Zamość (z wyjątkiem Jatutowa i Wólki Panieńskiej), stały się ich własnością i w różnym czasie wchodziły do utworzonej w 1589 r. Ordynacji Zamojskiej. W heraldyce samorządowej szeroko przyjęty jest zwyczaj sięgania do motywów rycersko – szlacheckich. W aspekcie historycznym wzięto pod uwagę trzy rody: Gorajskich, Niemierzów i Zamoyskich.
Z punktu widzenia historycznego i heraldycznego, najtrafniejszym i najsłuszniejszym stał się znak Niemierzów – Ostrowskich. Wynikło to z faktu wcześniejszego posiadania przez nich Skokówki, na której gruntach powstało nowe miasto, zwane początkowe Nowe Zamoście. Stąd miejscowość tę można uznać za poniekąd kościec historycznego regionu. Przede wszystkim jednak wybór rodu, dziedziczącego okoliczne miejscowości o blisko półtora stulecia wcześniej przed Zamoyskimi, tylko dodaje prestiżu i powagi godłu gminnemu. Nie bez znaczenia jest również i to, że Gryf rodu Niemierzów jest herbem stosunkowo rzadko występującym na lubelszczyźnie, poza powiatem tomaszowskim. Wybitny osiemnastowieczny heraldyk, K. Niesiecki opisuje go następująco: „w polu czerwonym gryf biały (tj. srebrny), z którego połowa przednia od głowy, orła z nosem zakrzywionym, z językiem wywieszonym, z dwiema szponami w górę wspiętymi, także z dwoma skrzydłami do lotu wyniesionymi reprezentuje. Druga połowa lwa z dwiema łapami, na których stoi, z ogonem spod łap w górę zadartymi pokazuje. Nogi przednie jednak u niego i nos żółty (tj. złoty), twarz w lewą (stronę) tarczy skierowana”. Dla podkreślenia nader istotnych związków z Zamościem przyjęto odmianę tegoż herbu, dodając gryfowi kamienny most, nawiązujący do nazwy Gminy i miasta, początkowo przecież brzmiącej „Zamoście”. Zza tego mostu wyłania się gryf. W efekcie powyższych przesłanek dokonano następującego wyboru herbu: w polu czerwonym srebrny gryf ze złotymi nogami i złotym dziobem, wyłaniający się zza złotego mostu. Tak skonstruowany herb nawiązuje do historii i nazwy Gminy oraz jest zgodny z zasadami sztuki heraldycznej.
